探索基因组,寻找慢性疾病的新靶点

Written by:

Slavé Petrovski

澳门在线赌城娱乐基因组学研究中心(CGR)副总裁兼主管&D

Earlier this year, 据宣布,澳门第一赌城在线娱乐现在可以访问完整的, 无间隙的人类DNA序列. 这是科学界的一项重大成就, 对于像我这样使用大规模基因数据集和尖端分析工具来探索疾病分子基础的研究人员来说,这尤其令人兴奋. 这是一个迷人的领域,澳门第一赌城在线娱乐的理解每天都在增长. 如果澳门第一赌城在线娱乐能发现导致疾病发生和发展的基因, 这样澳门第一赌城在线娱乐就能更早地识别出高危患者, 开发更有针对性和更有效的治疗方法.


多组学的目标


作为澳门第一赌城在线娱乐基因组计划战略的一部分, 澳门第一赌城在线娱乐继续扩大澳门第一赌城在线娱乐的基因组资源,以获取更大的遗传多样性, 特别关注历史上在研究中代表性不足的全球地区. 澳门第一赌城在线娱乐也在扩大澳门第一赌城在线娱乐multi-omics理解 通过对同一个人产生额外的数据,澳门第一赌城在线娱乐已经有了丰富的基因组学和临床结果的数据. 这既提高了澳门第一赌城在线娱乐的研究效率,使澳门第一赌城在线娱乐能够更快地从因果遗传生物学到机制理解和系统生物学,也增加了澳门第一赌城在线娱乐对目标科学决策里程碑的信心.

这里我总结了基因组学研究中心(CGR)最近发表的四篇文章。, 许多成果是与澳门第一赌城在线娱乐的学术伙伴密切合作取得的. 这些只是澳门第一赌城在线娱乐目前从先锋最佳实践中追求的工作的一小部分, 开发新颖先进的分析方法, 到发现新的药物靶点和疾病途径,这些可能是未来医学和精准医学战略的线索.


从不断扩大的数据库中学习到很多东西

那么,是什么促使澳门第一赌城在线娱乐对基因及其在疾病中扮演的角色有了新的认识呢? 近年来,澳门第一赌城在线娱乐的基因组学知识呈指数级增长,这是由于从大量人群中获得的具有关联电子健康记录的测序数据的增加. 需要对这些庞大的数据集进行探索,以发现具有相似临床特征但由不同分子机制驱动的疾病之间的关键遗传联系. 这不是一件容易的事,规模是至关重要的——这就是为什么澳门第一赌城在线娱乐设定了一个雄心勃勃的目标,到2026年分析多达200万个基因组. 澳门第一赌城在线娱乐的基因组计划已经为疾病生物学提供了新的见解,并帮助澳门第一赌城在线娱乐发现新的罕见基因变异和 未来药物的潜在靶点.



英国生物银行是医学研究人员最大的资源之一. 生物库中的每一个个体都是许多代人的“遗传结果”——每一代都受到选择力量的影响, 适应新环境和随机基因突变. 

Using the UK Biobank, 澳门第一赌城在线娱乐可以对成千上万的个体进行采样,并通过电子健康记录将他们的基因图谱与成千上万的健康结果进行匹配, self-reported outcomes, imaging, biochemistry, and much more. 它开启了前所未有的基因组学和医学研究.


来自英国生物银行的数据集和其他更近的、基因多样化的人群,让我和我的同事们, in our CGR, 在绘制一系列疾病的遗传原因方面取得重要进展. 2021年8月,澳门第一赌城在线娱乐在英国生物银行发表了一篇具有里程碑意义的测序论文 Nature, 这为一些常见疾病的因果生物学提供了新的见解, 帮助加速识别经人类遗传学验证的新的治疗靶点.1 More recently, 澳门第一赌城在线娱乐的CGR又发表了三篇高影响力的论文,这些论文促进了澳门第一赌城在线娱乐对基因组学的理解,并提供了关于为什么有些人比其他人更容易患某些慢性疾病的新知识.


揭露克隆造血的影响

克隆造血(CH) -当一个造血干细胞复制具有相同的基因突变时-是研究最广泛的细胞突变之一. 已知发生的自发突变与衰老有关, 然而,人们对其原因知之甚少, CH的生物学基础及其意义.2

澳门第一赌城在线娱乐的新研究发表在 Nature Genetics 使用了421的全基因组分析,研究人员从英国生物库中提取了1000人的样本,以研究CH的遗传基础. 它提供了重要的新的疾病见解, 确定了几个基因变异和多个新的种系位点与CH风险增加有关. 研究还显示,吸烟和端粒长度较长都是晚年罹患CH的因果风险因素.3

澳门第一赌城在线娱乐的下一个研究目标是确定这些基因突变如何预测慢性疾病的发展, 尤其是炎症性疾病. 澳门第一赌城在线娱乐的研究表明,CH的遗传倾向会增加一个人患血癌的风险, 例如骨髓增生性肿瘤(一种罕见的骨髓疾病), 明确非恶性肿瘤, 心血管疾病如心房颤动(心律不齐), 以及鼓励过早衰老.3


通过扩大澳门第一赌城在线娱乐对这些CH基因突变背后的分子驱动因素的了解, 澳门第一赌城在线娱乐希望能够识别易患慢性疾病的个体,并进一步了解炎症机制(炎症小体)如何表现为疾病.


这是迄今为止最大的克隆造血遗传学系统研究. 它增强了澳门第一赌城在线娱乐对这种现象的遗传易感性基础的理解,并为其发病机制及其对人类健康和衰老的影响提供了新的见解. 澳门第一赌城在线娱乐正处于科学发现之旅的开始,更多地了解驱动克隆造血的遗传机制,以及精准医学策略在预防其对人类健康的不利影响方面可能发挥的作用.

乔治·瓦西里乌教授 剑桥大学MRC生物统计组血液医学教授

危及生命的肺部疾病特发性肺纤维化的新基因线索


Image Source: Arch Pathol Lab Med.2012;136(6):591–600. 图片由医学博士理查德·韦伯提供.

另一个澳门第一赌城在线娱乐正在用基因组学积极探索的大量未满足需求的领域是特发性肺纤维化(IPF), a chronic, 导致肺部瘢痕(纤维化)的进行性肺病, 呼吸衰竭和死亡.4

多年来,科学界一直试图更好地了解这种危及生命的疾病. 尽管进行了大量的研究, 遗憾的是,目前可供患者使用的治疗方案很少,而且这些治疗方案只能减缓疾病进展,而不能最终改变长期预后.

澳门第一赌城在线娱乐的最新研究发表在 美国呼吸与重症医学杂志 为IPF的潜在遗传原因提供了新的线索. 的表达减少 KIF15 基因先前已被证明与一系列不同类型的纤维化间质性肺疾病有关.5 


澳门第一赌城在线娱乐的研究证实了罕见和常见的基因变异 KIF15 基因增加了一个人对IPF的易感性 KIF15 蛋白表达和减少细胞增殖. Additionally, 这项研究进一步强调了澳门第一赌城在线娱乐之前发现的一种新机制,澳门第一赌城在线娱乐认为这可能是一些患者IPF的基础, 扩展澳门第一赌城在线娱乐对IPF基因的发现 SPDL1 (Spindly) and TERT, 并为探索提供了潜在的新途径.6,7


这是IPF中进行的最大的外显子组测序, 帮助研究人员识别新的基因靶点,发现潜在的候选药物,可能解决新的疾病途径. 了解IPF的潜在生物学可能是改善患者预后和延长这种未满足需求的疾病的预期寿命的关键.

Dr. Christine Garcia Department of Medicine, 基因组医学研究所, 哥伦比亚大学欧文医学中心, New York

利用“生物标记指纹”相似性来寻找基因

具有共同生物标记模式的基因通常以相似的方式表现,并可能对人类疾病产生类似的影响. 这对研究人员进行药物发现实验时非常有帮助, 特别是当某些基因被认为是“难以靶向”或“不可药物”的时候。.

澳门第一赌城在线娱乐的CGR开发了一种新的工具,称为基因- scout(连续性状基因相似性),它利用了500个数据,000个人类序列,根据它们共享的生物标记谱来识别具有相似关联的基因. 研究结果最近发表在 Nucleic Acids Research 结果表明,与现有方法相比,这种新工具可以更准确地找到具有相似临床特征的基因.8

Gene-SCOUT为基因研究开辟了新的可能性, 帮助科学家识别其他具有类似特征的基因,这些基因可能更适合用于药物开发.


Source: Middleton L, et al. Nucleic Acids Research. 2022;50:4289-4301.


帮助在全球范围内推进疾病理解和药物发现, 澳门第一赌城在线娱乐必须继续合作并分享澳门第一赌城在线娱乐的科学成果. 作为这一承诺的一部分,澳门第一赌城在线娱乐做出了 Gene-SCOUT是一个免费的网络资源, 帮助推动科学探索,即使在基础设施和资源可能无法进行大规模基因组分析的地方. 共同加强对基因组的了解将有助于对疾病产生最大和最迅速的全球影响.


澳门第一赌城在线娱乐正在将人工智能和机器学习与基因组学结合起来,以回答一些最棘手的医学问题. gene - scout是一种复杂且更准确的基因指纹验证方法,对澳门第一赌城在线娱乐的精准医疗策略具有重要意义. 如果澳门第一赌城在线娱乐能更好地理解潜在的和相互关联的疾病生物学, 澳门第一赌城在线娱乐也许能够为感兴趣的基因找到其他的目标机会, 拓宽未来治疗的可能性.

Dimitrios Vitsios 首席科学家,基因组学研究中心,发现科学,澳门第一赌城在线娱乐R&D

利用基因组学和精准医学创新R&D

激动人心的时刻就在前面! 澳门第一赌城在线娱乐正在深入研究复杂慢性疾病的生物学, 利用庞大的基因组数据网络来探索和发现新的见解. With this knowledge, 澳门第一赌城在线娱乐将能够更好地识别有患某些疾病风险的个体, earlier, 并在未来发现重要的新疗法.

基因组学现在是澳门第一赌城在线娱乐R的一个组成部分&澳门第一赌城在线娱乐90%以上的产品都采用了精准医疗方法. 让人类遗传学成为药物研发的核心, 澳门第一赌城在线娱乐希望加快发展, 并最终提高治疗质量和患者的治疗效果.


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References

1. Wang Q, et al. 281104个英国生物银行外显子组中罕见变异对人类疾病的贡献. Nature. 2021;597:527–532.

2. Jaiswal S, Ebert BL. 克隆造血在人类衰老和疾病中的作用. Science. 2019; 1:366 (6465): eaan4673.

3. Kar PS, et al. 200份的全基因组分析,453个个体对克隆造血的原因和后果产生了新的见解. Nature Genetics. 2022. http://www.nature.com/articles/s41588-022-01121-z.

4. Spencer LG, et al. 英国特发性肺纤维化:2013年至2019年英国胸科学会电子登记的分析. ERJ Open Res. 2021;7 00187-2020.

5. Allen RJ, et al. 特发性肺纤维化易感性的全基因组关联研究. 我是急救医生吗. 2020. 201(5): 564-57.

6. Zhang D, et al. 罕见和常见的KIF15变异与特发性肺纤维化的遗传风险有关. 我是急救医生吗. 2022. http://doi.org/10.1164/rccm.202110-2439OC

7. Zhang D, et al. 拉丁裔IPF患者TERT罕见变异的全基因组富集. 我是急救医生吗. 2022. http://doi.org/10.1164/rccm.202203-0622LE 

8. Middleton L, et al. 基因- scout:从全现象关联分析中鉴定具有相似连续性状指纹的基因. Nucleic Acids Research. 2022;50:4289-4301.


Veeva ID: Z4-44597
筹备日期:2022年7月